Por lo que veo el arpeggiador no va asociado a una nota, simplemente configuras el arpeggiador y le das a play.
Quizá el play del arpeggiador esté asociado al play del cubase y cuando aprietas al play del cubase se te activa automáticamente.
Quizá alguien te pueda ayudar de manera más profunda, aunque como solución provisional yo le haría una pista de automatización del volumen del minimoog y silenciaría las partes que no me interesan. Es una medida un poco cutre pero como apaño temporal igual te vale
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