Hola de nuevo.
Si el Yamaha está conectado a través del USB y configurado para que lo reconozca como dispositivo MIDI (para eso es el driver),
no es necesario que esté conectado mediante MIDI (despincha ese thru, que es el que repite las pistas del Yamaha en el Roland)
En Cubase configuras cada máquina en un puerto, y en cada máquina configuras Local Control Off, y todos los canales preparados para recibir datos (los 16 sin filtro).
Si el Yamaha se está volviendo loco con los progrma changes, lo mejor (por lo rápido) es que uses su software de gestión, y que cuando tengas un arreglo listo para salvar, te ayudes del multipart editor para recibir los programas de cada canal del yamaha, y lo salves en la misma carpeta del arreglo (es un buen sitio),
para, si te cambia el multi en la carga, siempre puedas recuperarlo con un rápido envio de configuración.
Studio Editor es un gestor de configuraciones generales de equipos Yamaha (diferentes dispositivos, puertos MIDI…).
Motif Multi Part Editor es la aplicación que necesitas (Studio Editor necesita ser instalado previamente) para configurar totalmente tu Motif para cada tema/arreglo.
Un saludo y suerte 😉