Podés probar a crear un archivo .cue en Notepad. Sin ir mas lejos, le informa a la grabadora en que momento debe introducir el corte en las pistas. En un .cue, puedes especificar los números de las pistas y su duración con una precisión de minutos/segundos/frames.
Otra opción, que la permiten la mayoría de los editores de audio, es insertarles puntos de corte por software, que es bastante similar a insertar los puntos de loop en un sample. Cuando quemas el archivo, el grabador reconoce esta info y trocea tu audio en pistas.